朱元璋女儿玉凤早年在战乱中失散，马皇后痛失爱女，伤心不已。多年来也曾差人四处找寻下落但终究音讯全无，算算应该二八年华了，每次一想到马皇后都为之惆怅唏嘘，茶饭无心。 朱元璋猜想玉凤或许已经不在人世，劝马皇后看开些，但马皇后却不死心相信一定能找得到爱女。因为玉凤右肩上有个似凤般朱砂胎记很好认，当初小公主取名玉凤也正是因为这个缘故。 马皇后深信这个世界上不可能有第二个人会有这样胎记，一天胡惟庸向朱元璋谎称已经打探到了公主消息，但没见过玉凤不能确定那是不是真公主，因此建议由刘伯温去辨认，如果是真公主就将迎接回朝。 由于刘伯温在玉凤公主襁褓时候就见过，这个任务遍数朝中大臣也只有刘伯温最为适合，于是刘伯温就奉旨前往，却不知前途路上竟有重重危难等着，这回刘伯温应该断无生路了! 朱元璋也为了让刘伯温一路上能够调兵遣将，顺利迎回玉凤公主，特地封刘伯温为钦差大人，并御赐"如朕亲临"金印一枚，凡事可以全权甚至可以先斩后奏，于是刘伯温就风风光光上路了。
情节老套是这部影片硬伤，观影不久便能猜中后续走向，如同嚼蜡般缺乏惊喜，难以勾起深入探究欲望。
可惜角色塑造流于表面，过于脸谱化，好人一味善良、坏人纯然邪恶，缺失深度挖掘，难以给人留下深刻印象。
作为一个路人，本来对《神机妙算刘伯温2006》没抱太大期望，但看了后就被吸引住了。剧情轻松有趣，又不乏正能量，是一部很下饭的剧。
观影全程如坐针毡，冗长拖沓、乏味剧情，加上糟糕视觉听觉呈现，既无娱乐价值，更谈不上艺术熏陶。
部分情节的发展较为平淡无奇，但整体上并不影响观影感受。